El programa de antropología de FLACSO tiene varias líneas de investigación y docencia, buscando formar profesionales capaces de incorporar la perspectiva etnográfica en el análisis de los problemas políticos, económicos, sociales y culturales de América Latina. Fernando García ha enfocado su investigación en la antropología de los pueblos indígenas, en su relación con el estado y en la interculturalidad, actualmente ha desarrollado el estudio de los grupos afro-ecuatorianos, así como de la antropología jurídica. Xavier Andrade coordinador del programa se ha enfocado en los estudios urbanos y visuales. Eduardo Kingman trabaja  temas de antropología histórica, estudios urbanos, patrimonio y memoria.